Метод молекулярной динамики
Метод МД подходит для множества классических задач (в механике есть основным, можно использовать в термодинамике и др.). Отличительной чертой МД есть тот факт, что для описания движения частиц применяется классическая механика. Силы межатомного взаимодействия можно представить в форме классических потенциальных сил (как градиент потенциальной энергии системы).
Построение шариков, квадратиков и т.д. (QT, аналогично TChart Bubbles)
Так уж получилось, что в QwtPlot нету готового компонента для рисования bubbles - как, например, в TChart от Borland (Delphi). Но не беда. Все это можно сделать вручную, причем не очень сложным путем.